Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 6

Profil ekspresji genu jego nowotworu pozytywnego pod względem mutacji BRCA2 był bardzo podobny do profilu innych takich guzów, ale ekspresja małej podgrupy genów mogła spowodować błędną klasyfikację. Ryc. 3. Ryc. 3. Analiza genów dyskryminujących raki piersi z mutacjami BRCA1 u osób z mutacjami BRCA2. Zastosowano trzy metody statystyczne do generowania list genów, które odróżniają mutacje genów piersi pozytywnych od mutacji BRCA1 i mutacji BRCA2; trzy listy zostały następnie połączone w listę konsensusową składającą się z 176 genów. Panel A pokazuje próbki mutacji BRCA1-pozytywnych i mutacji BRCA2 próbek tkanki raka piersi pod względem poziomu ekspresji 176 genów na liście konsensusowej. Panel B pokazuje wynikowy wykres wielowymiarowy; ilustruje zdolność tych genów 176 do oddzielania guzów mutujących mutację BRCA1 (niebieskie kółka) od guzów pozytywnych pod względem mutacji BRCA2 (kółka tan). Panel C pokazuje wyniki barwienia mikromacierzy tkankowych z przeciwciałami przeciwko cyklinie D1 i MEK-1. Średnie natężenie jądrowe uważa się za 0 przy braku barwienia, w obecności słabego barwienia, 2 w obecności umiarkowanego zabarwienia i 3 w obecności silnego zabarwienia. Każda analiza obejmowała 23 próbki mutacji BRCA1 i 17 próbek pozytywnych względem mutacji BRCA2. Każdy guz był reprezentowany w macierzy przez dwa rdzenie; zgodność w punktach między każdą parą była wysoka, jak zmierzono za pomocą ważonej statystyki kappa. Test Wilcoxona-Manna-Whitneya wykorzystano do zbadania różnic między tkankami dodatnimi pod względem mutacji BRCA1 i mutacjami BRCA2 (z zastosowaniem średniej oceny dla obu rdzeni). Wartości P są dwustronne i dokładne. Próbki użyte do analizy mikromacierzy cDNA oraz analizy mikromacierzy nowotworowej różniły się, ale pochodziły z tej samej instytucji (szpital uniwersytecki w Lund).
Na rycinie 3 przedstawiono sposób, w jaki zidentyfikowaliśmy geny, które są najważniejsze w odróżnianiu raka piersi z mutacją BRCA1 od mutacji pozytywnej względem mutacji BRCA2. Łącznie 176 takich genów zostało zidentyfikowanych we wszystkich trzech metodach statystycznych (zmodyfikowany test t-Studenta, ważona analiza genów i ocena wzajemnych informacji). Ta lista pokazuje, że guzy BRCA1 i BRCA2 różnią się znacznie pod względem profilu ekspresji genów. W obrębie tej listy znajduje się duży blok genów (pokazany na czerwono na Figurze 3A), które są regulowane w górę w próbkach pozytywnych pod względem mutacji BRCA1, ale nie w próbkach dodatnich pod względem mutacji BRCA2. Badanie poszczególnych genów w tym bloku sugeruje skoordynowaną transkrypcyjną aktywację dwóch głównych procesów komórkowych w próbkach pozytywnych pod względem mutacji BRCA1: naprawę DNA i apoptozę. Drogi naprawcze DNA są odbijane przez geny (np. MSH2) 33, które uczestniczą w aktywacji odpowiedzi komórkowych na stres. Ponadto guzy o dodatniej mutacji BRCA1 wykazują zwiększoną ekspresję genów związanych z indukcją apoptozy (np. PDCD5) 34 i zmniejszoną ekspresję genów zaangażowanych w hamowanie apoptozy (np. CTGF) .35
To odkrycie sugeruje, że mutacja BRCA1 prowadzi do konstytutywnego stanu typu naprężenia. Komórkowa odpowiedź na uszkodzony DNA jest złożona i obejmuje aktywację punktów kontrolnych w cyklu komórkowym, naprawę DNA i zmiany w transkrypcji genu – wszystkie te funkcje obejmują białka kodowane przez BRCA1 i BRCA2.15. Stwierdzenie, że mutacja BRCA1- guzy dodatnie mają zwiększoną ekspresję genów biorących udział w odpowiedzi na stres, powinny zapewnić dalszy wgląd w różne funkcje obu genów.
Mikromacierze tkankowe o wysokiej gęstości
Mikromacierzy o wysokiej gęstości tkanki raka piersi (Figura 1D i Figura 1E) 23 użyto do określenia, czy poziomy białek kodowanych przez wybrane geny (zmierzone za pomocą analizy immunohistochemicznej) korelują z wynikami dla mikromacierzy cDNA
[podobne: próba webera, złamanie panewki stawu biodrowego, uchyłki przełyku ]
[hasła pokrewne: aviotex, proba valsalvy, bioptron zastosowanie ]