Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 7

3C ilustruje wyniki dla dwóch genów (kodujących cyklinę D1 i kinazę kinazy białkowej aktywowanej mitogenem [MEK-1]) wobec mikromacierzy zawierającej 113 próbek raka sutka uzyskanych z tego samego szpitala kierującego, który dostarczył wszystkie próbki stosowane w cDNA- analizy mikromacierzy. Intensywność barwienia cykliny D1 różniła się istotnie (P <0,001): guzy o mutacjach mutacji BRCA2 wykazywały intensywniejsze wybarwienie niż guzy o mutacjach mutacji BRCA1, co jest zgodne z ekspresją cykliny D1 w doświadczeniach z mikropłytkami cDNA ( P <0,001 w teście t) (Figura 3C). Zgodnie z oczekiwaniami, kontrola negatywna MEK-1, którego gen nie znajdował się na liście genów konsensusowych, miał podobny poziom ekspresji w dwóch typach guzów (P = 0,23) (Figura 3C i http: //www.nhgri. nih.gov/DIR/Microarray).
Wpływ metylacji DNA na ekspresję genów
W naszej analizie tylko jeden nowotwór (od Pacjenta 20, który miał sporadyczny rak piersi) został błędnie zaklasyfikowany jako pozytywny dla mutacji BRCA1 (Tabela 2 i Figura 2C). W porównaniu z pozostałymi sześcioma pacjentami ze sporadycznym rakiem piersi, ta próbka miała znacznie obniżony poziom ekspresji BRCA1, być może z powodu nierozpoznanej mutacji BRCA1 u tego pacjenta. W dalszych badaniach stwierdzono, że nowotwór ma cechy fenotypowe (np. Negatywne dla receptorów estrogenowych, wysoki stopień i lokalizację przewodową), które były zgodne z powszechnymi klinicznymi i patologicznymi profilami raka piersi z mutacją BRCA1.
Figura 4. Figura 4. Analiza metylacji regionu promotora BRCA1 w próbkach nowotworowych od siedmiu pacjentów ze sporadycznym rakiem piersi. Do odróżnienia niemetylowanych alleli (U) od metylowanych alleli (M) od BRCA1 użyto specyficznego dla metylacji testu reakcji łańcuchowej (U) na podstawie zmian sekwencji wytworzonych przez potraktowanie DNA wodorosiarczynem, który przekształca niemetylowane (ale nie metylowane) cytozyny do uracyl, a następnie test reakcji łańcuchowej polimerazy obejmujący startery zaprojektowane dla metylowanego lub niemetylowanego DNA.24 Metylowany produkt ma długość 75 par zasad, a produkt niemetylowany ma wartość 86 par zasad. Jako kontrolę negatywną zastosowano DNA z normalnych limfocytów, a jako kontrolę pozytywną zastosowano metylowany DNA in vitro.
Po zatwierdzeniu przez instytucyjną komisję odwoławczą skontaktowano się z pacjentem i zgodzono się na testowanie mutacji linii zarodkowej w BRCA1. Korzystając z analizy mutacji w oparciu o sekwencje i opartego na chipie systemu wykrywania mutacji, 36 nie stwierdziliśmy mutacji w genie BRCA1. Następnie przeanalizowaliśmy region promotora BRCA1 pod względem nieprawidłowej metylacji, która jest znana z wyciszania BRCA1 w sporadycznych rakach bez mutacji w genie.24,37 Testowanie (w zaślepiony sposób) wszystkich okazów sporadycznych nowotworów z naszego badania wskazało, że błędnie klasyfikowane guz (od Pacjenta 20) był jedynym z hipermetylacją regionu promotora BRCA1, co wskazuje na inaktywację BRCA1 (Figura 4). Wynik ten został potwierdzony przez odkrycie, że ten nowotwór wykazywał zdecydowanie najniższy poziom matrycowego RNA BRCA1 wszystkich próbek w badaniu.
Dyskusja
Badania patologicznych cech raka sutka sugerują, że nowotwory z zasadniczymi mutacjami linii zarodkowej w BRCA1 i BRCA2 różnią się od siebie i od nowotworów, które nie przenoszą tych mutacji.10,26 Jednak metody klasyfikacji tych nowotworów na podstawie takich nowotworów funkcje były podatne na błędy i subiektywną interpretację
[więcej w: gemcytabina, zapalenie ochrzęstnej małżowiny usznej, szyna gipsowa ]
[patrz też: gryfit puławy, atp skarzysko, próba valsalvy ]