Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi cd

Analiza statystyczna określa, czy te różnice w profilach ekspresji genów są większe niż można by oczekiwać przez przypadek. Jak pokazano w Tablicy C, różnice w wzorcach ekspresji genów pomiędzy klasami nowotworów można przedstawić w postaci kolorowego spisku, a związki między guzami można przedstawić w postaci wielowymiarowego wykresu skalowania. Guzy o podobnych profilach ekspresji genów skupiają się blisko siebie na wykresie wielowymiarowego skalowania. Jak pokazano w panelu D, poszczególne geny będące przedmiotem zainteresowania mogą być dalej badane poprzez użycie dużej liczby uporządkowanych, zatopionych w parafinie próbek nowotworowych, określanych jako mikromacierze tkankowe. Jak pokazano w Tablicy E, można przeprowadzić analizy immunohistochemiczne setek lub tysięcy tych próbek biopsyjnych w układzie w celu rozszerzenia wyników mikromacierzy. Rysunek 2. Rysunek 2. Identyfikacja genów, które można wykorzystać do odróżnienia mutacji BRCA1-pozytywnych, mutacji BRCA2-pozytywnych i sporadycznych przypadków pierwotnego raka piersi. Panel A pokazuje 51 genów, które najlepiej wyróżniały się spośród trzech typów nowotworów, jak określono za pomocą zmodyfikowanego testu F (. = 0,001). Panel B przedstawia wykres wielowymiarowy siedmiu próbek od pacjentów z mutacjami dodatnimi mutacjami BRCA1 (niebieskie kółka), ośmiu próbek od pacjentów z guzami mutującymi mutację BRCA2 (koła podskórne), siedmiu próbek od pacjentów z guzami sporadycznymi (szare kółka) i dwie próbki normalnych komórek nabłonka sutka (różowe kółka), które zawierały wszystkie 3226 genów, które spełniały kryteria włączenia do analizy. Panel C pokazuje wykres wielowymiarowej skali 22 próbek pierwotnego guza, które zawierały 51 genów, które najlepiej różnicowały trzy typy nowotworów, o czym świadczy klastrowanie próbek pozytywnych pod względem mutacji BRCA2 i próbek pozytywnych względem mutacji BRCA1. .
Mikromacierze hybrydyzowano i skanowano, a analizę obrazu przeprowadzono jak opisano poprzednio (Figura 1) .20-22 Linia komórek odniesienia, MCF-10A (American Type Culture Collection, CRL-10317), nienautogenna linia komórek sutków, była wzorzec wewnętrzny, z którym porównywany jest każdy nowotwór (nie kontrola biologiczna). Do porównania dodano RNA z normalnych komórek nabłonkowych sutka (Figura 2B).
Mikromacierze tkankowe
Mikromacierz tkanki nowotworowej piersi (Figura 1), skonstruowany jak opisano wcześniej, 23 składał się z próbek 113 pierwotnych guzów sutka, w dwóch powtórzeniach, pochodzących od populacji pacjentów z południowej Szwecji, u których choroba została zdiagnozowana przed w wieku 40 lat. Pacjenci składali się z 23 pacjentów z mutacjami BRCA1, 17 z mutacjami BRCA2, 20 z rodzinnym rakiem piersi (definiowanymi jako historia raka sutka lub jajnika u co najmniej jednego krewnego pierwszego stopnia), ale bez mutacji BRCA1 lub BRCA2, 19 z prawdopodobnie rodzinną piersią raka (definiowanego jako historia raka sutka lub jajnika u co najmniej jednego krewnego drugiego stopnia), ale bez mutacji BRCA1 lub BRCA2, i 34 z sporadycznym rakiem piersi. Duplikaty próbek biopsji tkanek rdzenia (średnica 0,6 mm) uzyskano z najmniej zróżnicowanych regionów poszczególnych guzów zatopionych w parafinie.
Analiza metylacji DNA
Wzory metylacji DNA na wyspie CpG genu BRCA1 zostały określone przez specyficzną dla metylacji reakcję łańcuchową polimerazy.
Analiza statystyczna
Testy asocjacji pomiędzy każdym typem mutacji (BRCA1 lub BRCA2) i zmiennymi klinicznymi zostały wykonane przy użyciu dokładnego testu Fishera dla zmiennych jakościowych i testu Wilcoxona-Manna-Whitneya dla zmiennych ciągłych i uporządkowanych
[więcej w: krwiak małżowiny usznej, zwichnięcie stawu mostkowo obojczykowego, ból w przełyku podczas połykania ]
[podobne: apteka słoneczna rybnik, famex radom, sanus pszczyna ]