Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi czesc 4

Zgłoszone wartości P są dokładne i nie zostały skorygowane dla wielokrotnych porównań (przetestowano 30 zmiennych). Wszystkie wartości P są dwustronne. W analizach wykorzystujących mikromacierze cDNA, w sumie 3226 genów o średniej intensywności (poziomie ekspresji) ponad 2500 pikseli spośród wszystkich próbek, średnia plamka o wielkości powyżej 40 pikseli i nie więcej niż jedna próbka, w której rozmiar powierzchni plamki zawierały 0 pikseli.22 Konserwatywne oszacowanie eksperymentalnej wariancji (obejmujące hybrydyzację par cDNA w różnych dniach) wskazało, że nasze obserwacje mieszczą się w przedziale ufności 95% od 0,61 do 1,65 dla średniej wartości 1,0.
Zastosowaliśmy metodę przewidywania klas, aby określić, czy można zastosować wzory ekspresji genów do klasyfikacji próbek nowotworów na dwie klasy w zależności od obecności lub nieobecności mutacji BRCA1 i BRCA2 (pozytywny lub negatywny dla mutacji BRCA1 oraz pozytywny lub negatywny dla mutacji BRCA2 ), z użyciem złożonego współczynnika zmienności.25 Oceniliśmy współczynnik błędnych klasyfikacji przy użyciu sprawdzania krzyżowego typu leave-one-out i wykorzystajmy przypadkowe permutacje wskaźników przynależności do klasy, aby określić znaczenie wyników.
Zastosowaliśmy trzy metody generowania list genów o różnych poziomach ekspresji w grupach pacjentów z rakiem piersi: zmodyfikowane testy F i t-testy, ważoną analizę genów i ocenę wzajemnych informacji (InfoScore). InfoScore wykorzystuje oparty na rankingach system punktacji i kombinacyjną permutację próbnych etykiet, aby wytworzyć rygorystyczny statystyczny test porównawczy nadmiaru genów, których zróżnicowany wzór ekspresji jest skorelowany z typem próbki (informacje dostępne na stronie http://www.labs.agilent.com/resources /techreports.html). Zastosowano aglomeracyjny hierarchiczny algorytm klastrowania w celu zbadania jakiejkolwiek relacji pomiędzy statystycznie istotnymi genami dyskryminacyjnymi. 19,20 Wykorzystaliśmy również wielowymiarowe skalowanie do pokazania korelacji ekspresji danych podgrup genów wśród różnych próbek guza.20 W tym trójwymiarowym obrazowaniu dane, próbki o podobnych profilach ekspresji leżą bliżej siebie niż te o odmiennych profilach.
Informacja uzupełniająca
Dodatkowe informacje na temat metod, klonów, genów, próbek, współczynników intensywności fluorescencji i metod statystycznych są dostępne w dodatkowym dodatku i na stronie http://www.nhgri.nih.gov/DIR/Microarray.
Wyniki
Charakterystyka guzów
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka tkanek raka piersi u pacjentów z mutacją BRCA1-pozytywną, mutacją BRCA2-pozytywną lub sporadycznymi przypadkami pierwotnego raka piersi. Mutacje u siedmiu nosicieli mutacji BRCA1 i siedmiu nosicieli mutacji BRCA2 zostały potwierdzone przez bezpośrednie sekwencjonowanie (Tabela 1). Próbki uzyskano również od siedmiu pacjentów z sporadycznym pierwotnym rakiem piersi. Nowotwory klasyfikowano patologicznie zgodnie z kryteriami Konsorcjum Link Cancer Cancer 10,26,27; wszystkie slajdy zostały odczytane przez jednego patologa. Ocenę przeprowadzono zgodnie z wcześniej opisaną metodą.28 Patologiczne wyniki dla naszej kohorty były podobne do wyników wcześniejszych badań.10,12,26,29-31 Wszystkie nowotwory z mutacjami BRCA1 miały stopień 3, większość z nich miała naciek limfocytarny i intensywne popychanie marginesy, większość miała tendencję do wzrostu w arkuszach, a kilka z nich miało konfluentną martwicę; był jeden nietypowy rak rdzeniasty
[hasła pokrewne: stomatolog włocławek, szyna gipsowa, zator tluszczowy ]
[patrz też: halim częstochowa, pzs nr 1 w kościerzynie, amegra ]