Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad

W modelach zwierzęcych defekt ten powoduje niestabilność genomu.16 U ludzi guzy piersi u nosicieli zmutowanych genów BRCA1 lub BRCA2 charakteryzują się dużą liczbą zmian chromosomalnych, z których niektóre różnią się w zależności od genotypu.17 W tym badaniu zbadaliśmy tkanki raka piersi od pacjentów z nowotworem związanym z BRCA1, pacjentami z rakiem powiązanym z BRCA2 i pacjentami ze sporadycznymi przypadkami raka piersi w celu ustalenia, czy istnieją wyraźne wzorce globalnej ekspresji genów w tych trzech rodzajach nowotworów .
Metody
Pacjenci i próbki biopsyjne
Pacjenci z pierwotnym rakiem piersi, u których w wywiadzie stwierdzono raka piersi lub jajników w rodzinie lub u obydwu tych osób, który był zgodny z dominującym sposobem dziedziczenia, zostali skierowani na poradę genetyczną do Poradni Onkogenetycznej Szpitala Uniwersyteckiego w Lund. Pacjenci ci zostali poproszeni o dostarczenie próbki krwi i podpisanie formularza świadomej zgody zezwalającej na analizę mutacji BRCA1 i BRCA2. Analizę mutacji przeprowadzono jak opisano poprzednio.18 Do analizy wybrano próbki biopsyjne pierwotnych guzów sutka od pacjentów z mutacją linii zarodkowej BRCA1 (siedmiu pacjentów) lub BRCA2 (osiem guzów od siedmiu pacjentów). Ponadto zidentyfikowano siedmiu pacjentów ze sporadycznymi przypadkami pierwotnego raka piersi, których historia rodzin była nieznana. Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad”

Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi

Wiele przypadków dziedzicznego raka piersi wynika z mutacji w genie BRCA1 lub BRCA2. Zmiany histopatologiczne w tych nowotworach są często charakterystyczne dla zmutowanego genu. Postawiliśmy hipotezę, że geny wyrażane przez te dwa typy nowotworów mają również charakter odróżniający, być może pozwalając nam zidentyfikować przypadki dziedzicznego raka piersi na podstawie profili ekspresji genów. Metody
RNA z próbek pierwotnych nowotworów od siedmiu nosicieli mutacji BRCA1, siedmiu nosicieli mutacji BRCA2 i siedmiu pacjentów ze sporadycznymi przypadkami raka piersi porównywano z mikromacierzami 6512 komplementarnych klonów DNA o 5361 genach. Analizy statystyczne wykorzystano do identyfikacji zestawu genów, które mogłyby odróżnić genotyp BRCA1 od genotypu BRCA2. Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi”

Wrzaskowe u niemowląt z doustną szczepionką przeciwko rotawirusom ad 7

Iloraz szans na wgłobienie jest znacznie mniejszy u niemowląt zaszczepionych RRV-TV, którym karmiono mleko matki niż u niemowląt szczepionych RRV-TV, którym podawano inne rodzaje mleka lub formuły. Dane z wstępnych badań klinicznych z kandydującymi szczepionkami rotawirusowymi sugerują, że replikacja RRV-TV jest mniejsza u niemowląt karmionych piersią.17,17,18 Nie stwierdzono wieku, aby zmodyfikować wpływ RRV-TV na ryzyko wgłobienia, chociaż moc statystyczna naszego badania mogły nie być wystarczające do wykrycia różnic w zależności od wieku. Błędy diagnostyczne lub uprzedzenia wynikające z dostępności informacji mogły mieć wpływ na wyniki, gdyby obawy dotyczące wgłobienia spowodowały wcześniejsze rozpoznanie u zaszczepionych niemowląt niż u niezaszczepionych niemowląt lub spowodowały rozpoznanie mniej ciężkiego wgłobienia u zaszczepionych niemowląt. Jest to jednak mało prawdopodobne, ponieważ dzieci z wgłębieniem w naszym badaniu charakteryzowały się wyższym odsetkiem zabiegów chirurgicznych i resekcji jelita niż zwykle zgłaszane. 19-21 Ponadto, dostawcy usług medycznych nie wydawali się kojarzyć RRV-TV z wgłaskami. Continue reading „Wrzaskowe u niemowląt z doustną szczepionką przeciwko rotawirusom ad 7”

Wrzaskowe u niemowląt z doustną szczepionką przeciwko rotawirusom ad 6

Różnica między tymi dwoma szacunkami nie była statystycznie istotna (P = 0,22). Rysunek 2. Rysunek 2. Wiek w momencie wgłobienia. Górny wykres pokazuje wiek 52 dzieci, które zaszczepiono pierwszą, drugą lub trzecią dawką RRV-TV 14 lub mniej dni przed wgłębieniem. Continue reading „Wrzaskowe u niemowląt z doustną szczepionką przeciwko rotawirusom ad 6”

Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 8

Nasze badanie, choć ograniczone pod względem liczby próbek, wskazuje, że technologia ekspresji genów może zwiększyć specyficzność klasyfikacji molekularnej raka sutka. Wczesne doniesienia sugerują, że istnieje utrata receptorów estrogenu i progesteronu w nowotworach z mutacjami BRCA1, 11-14, podczas gdy guzy z mutacjami BRCA2 są bardziej zmienne pod tym względem, ale często mają takie receptory.11 Z tego powodu niektóre z różnic, które znaleźliśmy w poziomach ekspresji różnych genów między mutacjami pozytywnymi pod względem mutacji BRCA1 i mutacjami BRCA2 raka sutka są prawdopodobnie spowodowane różnicami w genach, których ekspresja jest związana z tymi receptorami. Niemniej jednak różnice te nie mogą wyjaśnić wszystkich ustaleń. Na przykład, jedna z próbek raka piersi z mutacją BRCA2 nie posiadała receptorów estrogenu i progesteronu, jednak profil ekspresji genu był bardzo podobny do profilu dodatnich receptorów z mutacjami BRCA2. Ponadto wiele genów, które ulegały ekspresji różnicowej w sporadycznych guzach receptorów dodatnich i receptorów ujemnych, nie rozróżniało mutacji pozytywnych względem mutacji BRCA1 lub mutacji BRCA2. Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 8”

Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 7

3C ilustruje wyniki dla dwóch genów (kodujących cyklinę D1 i kinazę kinazy białkowej aktywowanej mitogenem [MEK-1]) wobec mikromacierzy zawierającej 113 próbek raka sutka uzyskanych z tego samego szpitala kierującego, który dostarczył wszystkie próbki stosowane w cDNA- analizy mikromacierzy. Intensywność barwienia cykliny D1 różniła się istotnie (P <0,001): guzy o mutacjach mutacji BRCA2 wykazywały intensywniejsze wybarwienie niż guzy o mutacjach mutacji BRCA1, co jest zgodne z ekspresją cykliny D1 w doświadczeniach z mikropłytkami cDNA ( P <0,001 w teście t) (Figura 3C). Zgodnie z oczekiwaniami, kontrola negatywna MEK-1, którego gen nie znajdował się na liście genów konsensusowych, miał podobny poziom ekspresji w dwóch typach guzów (P = 0,23) (Figura 3C i http: //www.nhgri. nih.gov/DIR/Microarray).
Wpływ metylacji DNA na ekspresję genów
W naszej analizie tylko jeden nowotwór (od Pacjenta 20, który miał sporadyczny rak piersi) został błędnie zaklasyfikowany jako pozytywny dla mutacji BRCA1 (Tabela 2 i Figura 2C). Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 7”

Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 5

Te cechy jako całość nie były tak powszechne wśród pacjentów z mutacjami BRCA2 .30,31 Zgodnie z oczekiwaniami, receptory estrogenu i progesteronu nie występowały w nowotworach od wszystkich pacjentów z mutacjami BRCA1, a także od jednego pacjenta z mutacją BRCA2.11,12 Wykorzystanie profili ekspresji genów do rozpoznawania dziedzicznych nowotworów piersi
Wskaźniki intensywności fluorescencji zostały obliczone i wygenerowano profile ekspresji genów dla każdej próbki. Profile ekspresji genów zostały wykorzystane do określenia, które z genów ulegających ekspresji w nowotworach korelowały z nowotworami dodatnimi pod względem mutacji BRCA1, nowotworami dodatnimi pod względem mutacji BRCA2 i guzami sporadycznymi. Figura 2A pokazuje wyniki zmodyfikowanego testu F, które dało 51 genów (. = 0,001), których zmienność ekspresji wśród wszystkich eksperymentów najlepiej wyróżniała się spośród tych typów nowotworów. Wykres wielowymiarowych skal 22 próbek od pacjentów z pierwotnym rakiem sutka i 2 próbki normalnych komórek nabłonka sutka, które zawierały wszystkie 3226 genów, które spełniały kryteria włączenia, pokazano na Figurze 2B. Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi ad 5”

Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi czesc 4

Zgłoszone wartości P są dokładne i nie zostały skorygowane dla wielokrotnych porównań (przetestowano 30 zmiennych). Wszystkie wartości P są dwustronne. W analizach wykorzystujących mikromacierze cDNA, w sumie 3226 genów o średniej intensywności (poziomie ekspresji) ponad 2500 pikseli spośród wszystkich próbek, średnia plamka o wielkości powyżej 40 pikseli i nie więcej niż jedna próbka, w której rozmiar powierzchni plamki zawierały 0 pikseli.22 Konserwatywne oszacowanie eksperymentalnej wariancji (obejmujące hybrydyzację par cDNA w różnych dniach) wskazało, że nasze obserwacje mieszczą się w przedziale ufności 95% od 0,61 do 1,65 dla średniej wartości 1,0.
Zastosowaliśmy metodę przewidywania klas, aby określić, czy można zastosować wzory ekspresji genów do klasyfikacji próbek nowotworów na dwie klasy w zależności od obecności lub nieobecności mutacji BRCA1 i BRCA2 (pozytywny lub negatywny dla mutacji BRCA1 oraz pozytywny lub negatywny dla mutacji BRCA2 ), z użyciem złożonego współczynnika zmienności.25 Oceniliśmy współczynnik błędnych klasyfikacji przy użyciu sprawdzania krzyżowego typu leave-one-out i wykorzystajmy przypadkowe permutacje wskaźników przynależności do klasy, aby określić znaczenie wyników.
Zastosowaliśmy trzy metody generowania list genów o różnych poziomach ekspresji w grupach pacjentów z rakiem piersi: zmodyfikowane testy F i t-testy, ważoną analizę genów i ocenę wzajemnych informacji (InfoScore). Continue reading „Gene-Expression Profiles w dziedzicznym raku piersi czesc 4”

Brak efektu indukcji hipotermii po ostrym uszkodzeniu mózgu czesc 4

Niektóre proste kategoryczne dane zostały przeanalizowane przez dwustronny chi-kwadrat lub dokładne testy Fishera. Porównania dla niektórych prostych zmiennych ciągłych przeprowadzono z dwustronnymi t-testami. Wszystkie dane wyrażono jako średnie . SD. Wyniki
Tabela 1. Continue reading „Brak efektu indukcji hipotermii po ostrym uszkodzeniu mózgu czesc 4”